Tytułowy Kandyd mieszka w posiadłości baronów de Thunder-ten-tronckh w niemieckiej Westfalii. Nie znamy jego pochodzenia, być może jest nieprawym synem arystokraty. W zamku pobiera nauki od filozofa Panglossa, zwolennika optymistycznej tezy, iż nasz świat jest najlepszym z możliwych, a każde zło czemuś służy. Tezy, bronione przez Panglossa, pochodzą z myśli Gottfrieda Wilhelma Leibniza (postać autentyczna), którego imię pada zresztą bezpośrednio w tekście:
— Ciągle trwam w pierwotnym mniemaniu — odparł Pangloss — toć nie darmo jestem filozofem: nie przystoi mi odmieniać zdania. Leibniz nie może się mylić; praistniejąca harmonia jest najpiękniejszym wymysłem na świecie, zarówno jak pełń i materia subtelna.
Na skutek afery miłosnej związanej z córką barona, Kunegundą, Kandyd zostaje wyrzucony z jego domostwa. Trafia do armii bułgarskiej - tam też zostaje wychłostany i przymuszony do wzięcia udziału w walkach. Ucieka jednak z wojska i przez Holandię trafia do Portugalii. W podróży towarzysz mu napotkany Pangloss, cierpiący na chorobę weneryczną. Są światkami trzęsienia ziemi i tsunami, jakie niszczy Lizbonę (wydarzenie autentyczne z 1755 roku). Filozof zostaje pojmany i ma zostać zgładzony za swoje poglądy - zaś Kandyd odkrywa, iż ukochana Kunegunda, po zniszczeniu zamku barona przez wojsko, trafiła do Portugalii, gdzie jest wspólną kochanką bogacza i Wielkiego Inkwizytora. Kandyd zabija obu i ucieka z Kunegundą do Ameryki Południowej - jednak w związku z popełnionym morderstwem zmuszony jest rozłączyć się z ukochaną i udać do jezuickiej kolonii w Paragwaju. Spotyka tam brata Kunegundy i rani go w sprzeczce - ponownie musi salwować się ucieczką. Zostaje złapany przez ludożerców, ale uchodzi z życiem i trafia do cudownej, utopijnej krainy Eldorado. Otrzymuje tam skarby i wraca do znanej sobie cywilizacji - jednak na skutek oszustwa zostaje pozbawiony kosztowności (część z nich odzyskuje później). Razem z pesymistą Marcinem udaje się do Europy i próbuje odzyskać Kunegundę. Dowiaduje się, że jest w ona w Turcji - rusza ku niej, spotykając Panglossa, który, jak się okazuje, nie zginął.Udaje mu się spotkać z ukochaną, jednak okazuje się, iż postarzała się przedwcześnie i zbrzydła. Kandyd jednak wywiązuje się z obietnicy i poślubia ją. Zamieszkują razem z kobietą i grupką przyjaciół w niewielkiej posiadłości. Pod koniec utworu Kandyd jest już pozbawiony złudzeń. Wie tylko, iż "trzeba uprawiać nasz ogródek".